Membranski sustav
Eukariotske stanice imaju složen membranski sustav koji se sastoji od različitih membranskih organela. Ove organele omogućuju različite funkcije, kao što su sinteza proteina, obrada i pohrana lipida, energijska proizvodnja i razgradnja molekula. Prokariotske stanice, s druge strane, nemaju takav razvijen membranski sustav.
Jezgra
Eukariotske stanice imaju odvojenu jezgru koja sadrži genetski materijal, dok prokariotske stanice nemaju odvojenu jezgru. Genetski materijal prokariotskih stanica nalazi se slobodno u citoplazmi. Jezgra eukariotske stanice omogućuje bolju kontrolu procesa replikacije i transkripcije gena.
Veličina
Eukariotske stanice su općenito veće od prokariotskih stanica. Prokariotske stanice su obično manje i jednostavnije građene. Eukariotske stanice, s druge strane, mogu biti veće i imaju složeniju unutarnju strukturu.
Organizacija DNA
U eukariotskim stanicama, DNA je organizirana u linearnim kromosomima koji su smješteni unutar jezgre. Prokariotske stanice imaju jednu cirkularnu molekulu DNA koja se nalazi u citoplazmi. Ova razlika u organizaciji DNA omogućuje eukariotskim stanicama veću raznolikost i fleksibilnost u genetskom materijalu.
Reprodukcija
Eukariotske stanice se reproduciraju mitozom ili mejozom, ovisno o vrsti stanice. Prokariotske stanice se reproduciraju binarnom fisijom, koja je jednostavniji proces podjele stanica. Reprodukcija eukariotskih stanica je složenija i omogućuje veću genetsku varijabilnost.
Metabolizam
Eukariotske stanice imaju složeniji metabolizam od prokariotskih stanica. One mogu provoditi procese kao što su aerobna i anaerobna respiracija, fotosinteza i fermentacija. Prokariotske stanice obično imaju jednostavniji metabolizam i mogu provoditi samo neke od ovih procesa.